Dans les Pays de la Loire, de nombreux gîtes à chauves-souris sont connus et répertoriés par les associations de protection de la nature. Certains gîtes ont un intérêt pour l'hibernation, la mise-bas ou le transit et regroupent parfois plusieurs espèces dont les niveaux d'enjeu varient.

Le 3e Plan national d'action chiroptères (2016-2025), piloté par la DREAL Bourgogne - Franche-Comté et animé par la Fédération des conservatoires d'espaces naturels, encadre une méthodologie qui permet de hiérarchiser le niveau d'enjeu des gîtes à chauves-souris selon différents critères : espèces présentes, périodes, effectifs, etc.

Ainsi, tous les sites connus abritant des chauves-souris ont été hiérarchisé selon 4 niveaux d'intérêt : international, national, régional et départemental.

Cette cartographie permet la visualisation d'enjeux locaux à considérer dans l'aménagement du territoire surtout qu'il s'agit d'espèces protégées et que certains sites font l'objet d'un arrêté préfectoral de protection de biotope et que d'autres sont classés Natura 2000 au titre de la directive Habitats.