Les sites de reproduction (fraie) correspondent à des habitats spécifiques et sont propres à chaque espèce. Le comptage des frayères permet d’évaluer la reproduction naturelle des poissons grands migrateurs. Ces suivis permettent aussi d’identifier le front de colonisation (migration la plus amont observée) des espèces sur chaque axe en rapport avec les conditions de débit, température et de difficulté de migrations induites par les obstacles.

Pour le saumon et la lamproie marine l’évaluation de la reproduction se fait par comptage des nids, pour les aloses on écoute directement le bruit caractéristique produit par la reproduction appelé « bulls d’aloses ».

Les frayères recensées permettent d’avoir un indice sur l’abondance et la répartition géographique des géniteurs au moment de la reproduction. Cette action fournit de plus des informations sur le front de migration. Cela permet d’avoir des indices sur les abondances dans les cours d’eau où aucun comptage des poissons n’est possible. Le repérage systématique des frayères permet d’établir des cartographies précises des lieux de ponte et d’estimer la reproduction naturelle. Il permet également de visualiser les effets de mesures de gestion telles que l’effacement ou l’aménagement d’ouvrages par une augmentation du linéaire colonisé.