- description générale: données de qualité (protéines totales, INT - respiration, FDA - métabolisme générale) concernant la formation de biofilms sur germcatchers en rivière (BV Ratier/Mercier de l'Yzeron) associées à des données produites à partir d'ADN extraits de ces biofilms. Des jeux de données concernant la qualité microbiologique des biofilms (via l'ADN) ont été produits par qPCR et méta-barcoding d'amplicons du gène marqueur tpm. Des eaux de surface ont été analysées durant cette étude pour qualifier les périodes d'échantillonnage en termes de paramètres physico-chimiques et permettre des comparaisons entre microbiologie des biofilms et des eaux de surface (uniquement via qPCR et méta-barcoding d'amplicons). - format des données: tableaux excel avec onglets donnant accès aux différents jeux de données (biofilms, ADN, eaux de surface - physico-chimie) - contexte: L'étude des biofilms sur germcatchers permet de tester les aptitudes des bactéries de sources exogènes (animales, surverse de réseau unitaire) dont des formes pathogènes à coloniser les compartiments d’un cours d’eau dans un contexte (i) de compétition avec les composantes biologiques naturelles du cours d’eau mais également (ii) d’exposition à de multiples polluants chimiques dont des phytosanitaires et pharmaceutiques. Ces données sont la propriété de l'OTHU et de l'équipe BPOE de l'UMR Ecologie Microbienne, et sont sous embargo jusqu'à publication dans une revue scientifique ou pendant une période de 5 ans. - lieu: bassin-versant de l'Yzeron (69, France) - période: mars à juin 2023

Données produites depuis 2004 dans le cadre de l'OTHU afin de caractériser les flux d'eau et de polluants à l'entrée d'un bassin d'infiltration. Paramètres hydrauliques: Hauteurs, vitesses, débits (depuis 2004) Paramètres physico-chimiques: Température, pH, conductivité électrique, turbidité (depuis 2004)

Evaluer l’exposition des populations avoisinantes et des opérateurs du bassin à des bioaérosols bactériens. Etude de la formation bioaérosols en amont du bassin, dans le bassin et en aval en fonction de la saison (4 saisons), de la vitesse du vent (fort vent, peu de vent), et des activités anthropiques (brassage des sédiments, sans brassage). Description de la donnée : - méthodes cultivables : concentrations des bactéries totales cultivables, des entérocoques, des coliformes totaux, E. coli, Nocardia genre. - NPP PCR pour les deux pathogènes opportunistes A. caviae et P. aeruginosa. - Extractions d’ADN et PCR : entérocoques, A. caviae, P. aeruginosa, Nocardia genre, N. farcinica, N. cyriacigeorgica - Séquençage massif 16S et tpm

Données produites depuis 2016 dans le cadre de l'OTHU pour le suivi des paramètres météorologiques. Station météo:Campbell SCI CR310. Paramètres suivis: température, humidité de l'air, ensoleillement, vitesse et orientation du vent et pluviométrie (depuis 2016)

données issues de travaux spécifiques réalisés sur le sous-bassin rural du Mercier, dans le cadre de la thèse de B. Sarrazin (2012)

Données produites depuis 2004 dans le cadre de l'OTHU afin de caractériser les flux d'eau et de polluants au sein d'un déversoir d'orage d'un bassin versant résidentiel. Autosurveillance pour la Métropole de Lyon. Paramètres hydrauliques: débits (Hauteurs/vitesses), pluviométrie (2004 à 2019) Paramètres physico-chimiques: conductivité électrique, température, pH, turbidité (2004 à 2012)

-Caractéristiques physico-chimiques, concentrations en métaux lourds, HAP, hydrocarbures Totaux, Azote et phosphore totaux de sols de quatre bassins d’infiltration en différents points et différentes profondeurs. - Thèse de Magali Dechesne - Données principalement sous fichiers Excel (fichier joint) - Sites: Sites satellites (Boulevard des droits de l’homme, Centre routier, ZAC Pivolles, ZAC du Chêne)

Données produites depuis 2004 dans le cadre de l'OTHU afin de caractériser les flux d'eau et de polluants à l'exutoire d'un bassin versant industriel de 185 hectares. Paramètres hydrauliques: Hauteurs, vitesses, débits (depuis 2004) Paramètres physico-chimiques: Température, pH, conductivité électrique, turbidité (depuis 2004)

Campagne de collectes de sédiments sur plusieurs bassins d'infiltration de la métropole Mesures des quantité de microplastiques dans les matrices sédimentaires Evaluation en laboratoire de l'impact des micro-plastiques sur un organisme sentinelle aquatique vivant dans les sédiments (le vers tubificidé Tubifex tubifex) 1ère expérimentation : Montage de 40 mésocosmes de 2 litres pour tester 4 concentrations en microplastiques (0, 1000, 10000 et 100000 particules par kg de sédiment sec) et deux conditions biologique (avec ou sans vers tubificidés) Mesures réalisées : Analyse des réserves énergétiques chez les organismes Mesures sur la dynamique des nutriments (NO3, NH4, PO4) et des flux de CO2 émis par les sédiments dans les mésocosmes Mesures des activités microbiennes (hydrolytique FDA et respiratoire INT) Mesures de la bioturbation (dépôt de pelotes fécales à la surface des sédiments) 2ème expérimentation : Montage de 20 colonnes sédimentaires de 1 litres pour tester 2 concentrations en microplastiques (0 et 10000 particules par kg de sédiment sec) et deux conditions biologique (avec ou sans vers tubificidés) Utilisation de luminophores (particules roses fluorescente sous lumière UV) déposés à la surface des sédiments pour quantifier le processus de bioturbation (remaniement des sédiments) dans les différentes colonnes Démontage des colonnes par couches sédimentaires de 0.5 cm pour mesurer la distribution verticale des luminophores en fin d'expérimentation (28 jours). Comptage des luminophores et modélisation du processus de bioturbation par les organismes

Incubation de supports artificiels (billes d'argile) pour échantillonner les microorganismes dans la nappe sur 2 sites en amont et aval de bassins d'infiltration (Django-Reinhardt et l'IUT) Campagne de collectes d'eau et de substrats artificiels (billes d'argile) lors de l'incubation (7 temps pour les eaux et 5 temps pour les supports artificiels) Mesures réalisées: - Dynamique des nutriments (NO3, NH4, PO4) du carbone organique dissous total et biodégradable - Dynamique structurelle des communautés bactériennes : analyses de métabarcoding 16S - Dynamique fonctionnelle des communautés microbiennes : activités microbiennes (hydrolytique FDA et respiratoire INT)